São órgãos de direção, administração e gestão do Agrupamento de Escolas Pioneiros da aviação Portuguesa os constantes no Decreto‐Lei n.º 75/2008 de 22 de abril, que estabelece o novo regime de autonomia, administração e gestão das escolas, designadamente: o Conselho geral, o Diretor, o Conselho pedagógico e o Conselho administrativo.